En Colombia, el proceso de beneficio del café se realiza tradicionalmente por vía húmeda, siendo éste uno de los factores a los cuales se debe la excelente calidad del café. No obstante, en este proceso, se consumen grandes volúmenes de agua limpia y se contaminan cantidades equivalentes. De acuerdo con el manual del cafetero colombiano, en las labores de lavado y clasificación se consumen 20 litros de agua limpia por kilogramo de café pergamino seco y un volumen igual en el despulpado y transporte hidráulico de la pulpa y del café en baba. (Zuluagaet al, 1993).

En la finca Pomorroso, asociada a la Federación Nacional de Cafeteros, se practica el beneficio húmedo del café y se generan las aguas mieles del lavado que por las características ya descritas resultan ser altamente contaminantes en el ecosistema; aguas mieles que se tratan a partir de una trampa de pulpa(o pre tratamiento), tratamiento primario constituido por una laguna acidogénica y un humedal de flujo subsuperficial horizontal (tratamiento secundario),se hace necesario obtener información de la efectividad del sistema de tratamiento en general para entender el comportamiento de estos sistemas en el trópico y bajo las condiciones específicas del lugar de estudio.

Estas aguas al ser liberadas a un ecosistema acuático sin previo tratamiento eficiente, pueden destruir el equilibrio del cuerpo hídrico receptor a causa de la anaerobiosis generada en el medio, que ocasiona la asfixia subsecuente de fauna y flora acuática (Hernández e Hidalgo, 2000) y la disminución de la productividad del ecosistema, como medio imprescindible para el desarrollo integral de las familias cafeteras. Esta situación ha motivado a los caficultores colombianos a la búsqueda continua de sistemas de tratamiento sostenibles que sean eficientes, de bajo costo y de operación no compleja, que contribuyan a mitigar los impactos ambientales derivados del proceso del beneficio húmedo del café.
Como alternativa integral, eficiente y de bajos costos para el tratamiento secundario de las aguas residuales del café, se implementó un sistema natural llamado humedal construido de flujo subsuperficial horizontal (HCFSSH), en el que se presenta una compleja interacción entre plantas, medio de soporte, bacterias y agua, de tal forma que los contaminantes son almacenados, transformados o degradados a través de diversos procesos físicos, químicos y biológicos (Bernal et al., 2003.). Particularmente los HCFSSH diseñados para el tratamiento de diversos tipos de aguas residuales y su fase final de tratamiento, corresponden a un lecho o canal conformado por un medio, grava, arena u otro tipo de materiales del suelo, sembrado con macrófitas acuáticas (U.S. Environmental Protection Agency [EPA], 2000).